杨辅清在福建的成功之日，恰好石达开在浙江屡屡战败，这时，天王洪秀全应李秀成的奏请，恢复了东王杨秀清的名誉，派人拉拢杨辅清，石达开气量极其狭小，因此让江西过去的将领密切监视杨辅清等人。

闽浙总督王懿德四处求援，陆续调兵，但他也只凑出了水师600名，金门镇标兵400名，勉力支持战局。夏季刚至，杨辅清联络当地农民起义军分路进攻建阳，水陆大军六七万人，旌旗蔽日，予建阳守军团练800人以全歼，擒其知县。至此，杨辅清已牢牢控制福建战局，福州危急，王懿德赶忙奏请朝廷支援。

曾国藩派的援军张运兰等人已优先调往浙江，寿山援军也迟迟不至，杨辅清一时得志福建，石达开却在寿昌城下再次遭逢大败，最终决定将队伍撤到福建。

这样一来，清廷在浙江的压力骤减，清廷派李定太、饶廷选等军纷纷追击石达开部入闽援救，杨辅清的军队也开始遭到攻击，日子开始变得艰难。

面对福建日益加强的清军，杨辅清只得收缩兵力，于浦城等的据险抗击清军。双方血战四个月，清军不能攻克，不断调兵前去支援。

石达开部趁机得以苟延残喘，艰难突破清军封锁，进入福建境内，与杨辅清会师。会师之后，两军兵力发展到近二十万，形势正待回转，变乱却在此时突生。

天王洪秀全恢复了杨秀清的爵位，召杨辅清为中军主将。

杨辅清在福建活动，为了扩大自己的影响，自命杨秀清继承者，宣布承袭杨秀清封号“东殿”。

石达开很不满，因为东殿比翼王要大，他怀疑杨辅清想取而代之。加之石达开在浙江惨败，杨辅清力量壮大，已有盖主之势，石达开部和杨辅清会师后，对杨辅清进行打压，引起杨辅清的不满。

后来，矛盾爆发，石达开欲加害杨辅清，杨辅清察觉后连夜遁去，带军六七万人，丢弃在福建的据点，脱离石达开，转战江西，回归天国。洪秀全册封五军主将，以杨辅清为中军主将，和陈玉成，李秀成同官职，杨辅清从此专心为洪秀全效力。

杨辅清走后，石达开军力不足十万，且皆浙江败亡部众，早成惊弓之鸟，重要据点又被杨辅清放弃，福建局势恶化，一夜回到解放前。事实证明，石达开缺乏成就大事的度量和气质，比洪秀全差远了，结果众叛亲离。

李元度及时给曾国藩汇报了杨辅清出走的消息：“讯据贼供，伪国宗杨辅清与石逆共带贼党十余万，杨逆先据浦城，石逆自衢、处败窜入闽，窥犯延津等郡。本年正月内杨逆仍假杨秀清伪号自称东殿，石逆妒之，互相仇杀，杨逆遂带贼六七万弃蒲城而去，犯扰广丰、玉山，分道而驰。石逆尚有七八万众。”

曾国藩得到情报，哈哈大笑，给在安徽的曾纪泽和曾国华等人去信，让他们坚守三河等城，不日他将班师接应。

杨辅清率领所部放弃所有占领的县城，从闽赣边界的邵武、光泽通过杉岭上的铁牛关，一路冲破清军的重重围堵，攻下泸溪、金谿、安仁、万年等县，进入江西景德镇，回到太平天国去了。他放弃的县城立即被清军占去，石达开的七八万兵马不得不为重占闽西北与清军展开艰苦的战斗，这无异雪上加霜。

石达开的大军中，不少是江西各地的天地会和农民起义军，成则风起云涌，败则烟消云散，闽西北山区本来就贫瘠缺粮，几万人的军粮哪里供应得上。何况还要饿着肚子成天打仗，军心不稳，战斗力严重削弱，连福建地方绿营兵都抵敌不过。进入八月中旬，仅余的一座孤城邵武，也在清军环攻中难以坚守了。一些意志不坚的将领见了这等光景，不愿跟了翼王再在福建受苦，纷纷自由行动，一起又一起的把队伍拉走。连国宗石镇吉也与石达开意见不合，不听指挥，拉开人马向邵武以南的地方活动，这样石达开直接指挥的部下只剩了三四万人。而曾国藩奉到朝旨，改援浙为援闽，他本人正由广信府（今上饶市）西边的弋阳县南下建昌途中，积极檄调湘军入闽，打算与浙闽总督管下的绿营兵合围，准备在此地大决战，全歼石达开的太平军于邵武，以绝后患！

在曾国藩的统筹调度下，清军相互援应，步步为营，一张巨大的网，开始撒向石达开的太平军！

“曾妖头这老贼！真是老奸巨滑！我石达开绝对不能坐以待毙！”包围圈在一天天缩小，石达开有点绝望，眼见自己的人马，被曾国藩的湘军一口口吃掉，他意识到了巨大的危险临近，不得不寻求退路！石达开这时感觉到自己不仅是英雄迟暮，而是有点英雄末路的挫败感！