1858年，这一年石达开混得太差，厄运来临，他在浙江战场遭遇惨败，靠石镇吉等人拼力血战方侥幸逃出浙江，到达福建又靠杨辅清打下的根据地才勉强栖身。但石达开非但未存感激之情，反而因天王洪秀全的离间而妒恨石镇吉、杨辅清，意欲夺取他们的兵权，导致杨辅清率部杀往江西，返回天京，石镇吉也心生了去意。

杨辅清出走后，石达开整备兵马，试图收复杨辅清先前占据的松溪、政和两地，巩固基础。1858年8月16日，石达开下令部众强攻松溪，松溪本地练勇却勇猛异常，石达开攻城仅一日即放弃。

石达开转攻政和，扎下营寨，为一字长蛇阵状，长二十余里，企图声势上压倒清军，当晚还命士卒添备火把，连夜决战清军，清总兵池建功顽强抵抗，率部与石达开昼夜激战，但原先参与攻城的福建农民起义军因杨辅清离去，不愿与石达开合作，纷纷撤走。

与杨辅清联合的福建农民起义军虽然撤走，但石达开仍有六七万人的实力，血战之后，必能破城，但石达开惯常捡漏的心理定势，使得昼夜激战后，功败垂成，于是下令各军整顿辎重马匹，准备窜回江西。

本来翼王石达开在江西根基雄厚，地形熟悉，江西民众多蓄发信教，石达开若能及时赶回江西，扎稳根基，整训军队，未尝不能裂土分茅。可惜石达开好谋无断，行事拖泥带水，正待撤回江西，却听闻江西瘟疫大作，进退不定，又滞留福建月余。

曾国藩赢得从容遣将时间，周天培，陈开选等人也率部从浙江赶至福建浦城，与石达开遭遇。

石达开对周天培甚为轻视，主动出击，结果为清军前锋杀败，全军惊恐，狂奔数十里，石达开连杀部下数十人，太平军的溃逃仍不能止。次日，石达开再度组织反击，周天培率清军主力迎战，石达开又为所破，偏将数人被杀，清军攻至距石达开老巢十里处。

曾国藩还命周天受马不停蹄，率部日行百里，从衢州赶到浦城参加会战，福建巡抚庆端也派闽军精锐八百往援，又大发当地团练抄石达开后路，石达开退至城内，准备长期抵抗，谁料守城才一日，城内百姓与清军郭启举相约里应外合，浦城失陷。

石达开主力受挫于浦城之下，幸运的是他的偏师却在建阳一带大破清军，收得流民五万，队伍扩大不少。此后数月间，清军在回龙塘、老佛庵接连打败石达开，迫其率军撤至水吉镇。石达开正待在水吉整顿败军，清军却穷追不舍，未几日，再克水吉，石达开尽弃粮草辎重，与偏师会于建阳。清将饶廷选援军大至，携带大批器械，猛攻石达开据点，匡开益也收罗残部，会同团练，在饶廷选支援下，攻占建阳。

好在石达开偏师再度发威，攻克宁化，知府雷瑞光败逃。石达开尚未及移师宁化，清朝又一七品县令建立奇功，代理知县刘润田使手下团练冒充长毛，星夜赚开宁化城门，迎雷瑞光入城。

不到一个月，石达开在福建据点被清军逐个清除，只余邵武孤城，四万大军困于城中，上天无路，下地无门。

屋漏偏逢连夜雨，此时曾国藩率湘军张运兰、朱品隆部的一万七千湘勇赶到，他们的战斗力比清廷绿营兵强多了！

石达开站在城楼上，冷风吹来，慨叹起落毛凤凰不如鸡，他的原部署曾都是天国骄兵悍将，这些老兵油子自蓄发追随洪、杨，从金田到永安，再从永安到天京，从来只有他们杀得清妖狼奔豕突，无路可逃，如今却落入此等绝境：“天要亡我石达开吗？我不甘心！我不信命！我命不由天！”

石达开的部下开始后悔误信其三寸不烂之舌，走上分裂路线的绝路。杨辅清返回天京，依然受到重用，这给了他们很大鼓舞，于是石达开的兵将开始大规模的出走：胡其相率大批精锐脱离石达开，欲转入江西，却被湘军张运兰部截杀，无奈投降，张运兰择胡其相部精壮全部杀害；杨再田与胡长佑、张运兰连日血战，不敌，遂脱离石达开连夜遁逃；林彩新也率花旗军脱离石达开；最为严重的是，石军头号骁将石镇吉兄弟遭湘军围攻，伤亡惨重，遂撤退至闽西南，自成一军，再不受石达开号令。