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不久在魏公公四处挥舞橄榄枝时，投奔阉党成为太常少卿，“弃暗投明”。

魏忠贤当权时，他深知自己是东林出身，又当上了反东林楷模，估计是两面难讨好，因此行事十分小心。一段时间后，他又归乡里，打算观望形势。

崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附宦官”，应该一起罢去，崇祯不听，结果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。

中途他想与复社和东林讲和，因此在复社领袖张溥为其师周延儒复相而奔走活动时慷慨解囊相助，表示愿意重归东林。东林反对周延儒报答他。因此崇祯一朝终未得仕。

不过周延儒也不是完全没有节操，虽然碍于东林的阻挠，不能启用阮大铖，但他同意阮大铖举荐一名死党入朝，阮大铖于是举荐马士英代替自己，马士英由此登上高位，接替了被张献忠打得很惨的高斗光被起用为凤阳总督。

崇祯八年（1635），民变军进入安徽。阮大铖避居南京，当时复社中名士顾杲、侯方域、黄宗羲等憎恶其为人，作《留都防乱公揭》驱之，连保养了几十年的大胡子都被复社子弟追着拔掉了不少，被弄得十分狼狈。

鉴于阮大铖与东林的龌鹾，马士英知道此刻举荐他入朝任职暂时是不可能的，他绝对有理由相信那些东林党知道消息后肯定会用唾沫把他和皇帝一起淹死，所以他没有上疏，而是约到了内侍田成，让他将自己的口信捎给皇帝，愿不愿意接见阮大铖由皇帝自己去决定。

当朱由桦收到马士英的秘荐口信后，颇为欣喜，抱着试一试的态度，他在皇城偏殿内秘密召见了阮大铖。

这一日，阮大铖方巾道袍，打扮得很是得体，给朱由桦留下了一个很不错的第一印象。在他前世的印象里，阮大铖是个十足的奸佞小人，没什么真本事，当然，前世的史料大多传自东林和鞑清之手，真实度有待考量，传言也未必可信。

所以朱由桦并没有一上来就问计问策，而是打算先探探阮大铖的底，考校一下他的才能，考校的东西以实事、军事等方面为主，想证实一下阮大铖是否有真才实学，如果有真才实学，人品差一点又何妨？真小人又何妨？就这样的人昔日的曹孟德想多找一些都找不到呢！古今论求贤若渴，谁能比得上曹孟德？